2 апреля 1993 года Указом президента были созданы Военно-морские силы Республики Казахстан, передает Kazpravda.kz со ссылкой на пресс службу министерства обороны РК
В июле 1999 года военно-морская база вошла в состав морских частей пограничной службы КНБ Республики Казахстан.
7 мая 2003 года издан Указ президента «О мерах по дальнейшему совершенствованию структуры ВС РК».
С этого момента Военно-морские силы окончательно сформировались как самостоятельный вид Вооруженных Сил Республики Казахстан.
